 |
|
 |
||
|
||||
 |
בבדיקה חוזרת נדמה לי שאני מגלה סימנים להתחלה של סדקי "עייפות חומר" בדטרמיניזם הנחוש והמקודש?... אם הבנתי נכון: DNA-ראשי תיבות של "דה-אוכסיד ריבוזה נוקלואיד אסיד" או משהו כזה. ומאחר ואני מבינה שהיקום מתקיים כל עוד מתקיימים בתוכו איזונים (תפיסה דמוקראטית...) הרי שהחומר הזה נוצר ובעיקר נשמר בעיקר בזכות "איזון מערכתי מקודש". אני מניחה ואשמח אם תאשר (או תכחיש) שנמדדו והוכחו כבר הקשרים הכימיים בין האטומים בתוך כל אחד משלשת המרכיבים ובין שלשתם? ומן הסתם הסוד הגדול טמון בתהליך, בסדר הפעולות בתנאים פיסיקלים קבועים ו/או משתנים, בתזמון שיתופו/ם של זרז/ים ו/או מעכב/ים? וההגיון ממשיך ואומר, שמאחר ומאז ומעולם נוצר, מתקיים מתחלק ומתחדש החומר הזה, מהמרכיבים הבסיסים ביותר שלו מסביבנו, וזהו בעצם התהליך הכימי (והדינמי?) הנפוץ המתמשך והנצחי ביותר? ואם כל זה נכון? והיום בעידן מחשבי העל, האם הצליח המדע להרכיב לפחות מודל תאורתי שלם ומאוזן? מצפה לתשובתך |
 |
 |
 |
|
|
|
||
|
||||
|
אני אמנם חי במשטר דמוקרטי, אך אני לא חושב שנדרש ממני להאמין ב"תפיסות דמוקראטיות" מעין אלה... דבר אינו מקודש בעיני המדע, לא הדטרמיניזם, ולא האיזון, מלבד האמת. אם להתחיל מהסוף, מודל תיאורטי שלם ומאוזן קיים בידנו בתקופה שבה מחשבי על היו רעיון של אסימוב. ווטסון וקריק גילו (בשנות ה-50 כמדומני) את המבנה המולקולרי של ה-DNA וזוכו על כך בנובל ובתהילת עולם. שלושת המרכיבים עליהם דיברת הם: הסוכר (ריבוז או דאוקסי-ריבוז, תלוי אם זה RNA או DNA), הזרחה (אטומי חמצן סביב שלושה אטומי זרחן), והבסיס החנקני (4 אפשרויות, בגודל דומה לשל הסוכר). החלוקה היא אם כן אנושית, לצרכי נוחות במינוח והמולקולה עצמה לא "יודעת" שהיא מורכבת ממגזרים שונים, ואין בה "גבולות" בין התחומים. לפיכך, למיטב ידיעתי, מובן מבנה הנוקלאוטיד (אבן בניין של DNA ו-RNA) על בוריו, בתוך המרכיבים ובינהם. "ומן הסתם הסוד הגדול טמון בתהליך, בסדר הפעולות בתנאים פיסיקלים קבועים ו/או משתנים, בתזמון שיתופו/ם של זרז/ים ו/או מעכב/ים?" על סודות כבר נתתי את דעתי (גם כאן לא ידוע מה הוא הסוד). ככלל, לא הבנתי דבר משאלה זו, אם אמנם זו שאלה. "וההגיון ממשיך ואומר, שמאחר ומאז ומעולם נוצר, מתקיים מתחלק ומתחדש החומר הזה, מהמרכיבים הבסיסים ביותר שלו מסביבנו, וזהו בעצם התהליך הכימי (והדינמי?) הנפוץ המתמשך והנצחי ביותר?" אך במעט מובן לי יותר מן המשפט הקודם (תעזרי לי פה אשת-הבועה). אם התהליך שאת מדברת עליו הוא העתקת המידע מסלילי DNA/RNAלסלילים חדשים, אותה השתכפלות, הרי שזו יכולה להתבצע ספונטנית (ללא סיוע באנרגיה) ע"י רצועות RNA קצרות מסוימות (RNA אוטוקטליטי). בד"כ יש צורך בבקרה מאד מאד מורכבת המשלבת אנזימים רבים ואנרגיה בשפע. האם זהו התהליך הנפוץ ביותר ביקום? לא. אנחנו מגיעים ממושגים ועולמות כ"כ שונים. זו חוויה אנתרופולוגית למדי לדבר איתך על מדע (מקווה שתקבלי את זה ברוח הטובה בה זה נאמר) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ממסתורי הריטואל האנרופולגי, החוויתי אני חוזרת כדי להקשות שוב ולהבהיר ולנסות להבין. זה שה-DNA הוא "יציר שנות החמישים" זה אפילו אני, בת לשבט נידח מאי שם בנבכי הג'ונגל האורבני, יודעת. אבל האם התהליך "הדינמי" של התפצלויות והתחברויות במולקולות כומת ונמדד על שלביו? אם כן? סביר והגיוני שהמדע שלך ידע לחכותו ממרכיביו הבסיסים בתהליך "מלאכותי" לפחות בתנאי מעבדה. אם לא ? יש לצפות שהמדע שלך יבנה מודל "דינמי מתמטי" תאורתי שינסה להכליל לפחות חלופה אחת לכל שלבי התהליך מתחילתו ועד סיומו. האם זה נעשה ופורסם? האם יש תהליך ביוכימי אחר דומה מחזורי ונפוץ כל כך, רב גוני ועם זאת משתנה ומתחדש באופן מבוקר וסיסטמתי כמו זה המתרחש העולם הצומח והחי? ספר לי עליו. והרי היום המדע כבר יודע להתערב במולקולות האלה, להוסיף ולהוריד להן מקטעים, וע"י כך לשנות את הקוד המוצפן ולהשפיע על התהליך והתפתחותו... אז איפוא נמצאים החסמים? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
(המדע אינו שלי, אולי גדולתו היא שהוא אינו של איש) DNA הוא יציר שנות ה-50, ובשנים שעקבו אחרי התגלית, נחקר מאד תהליך השכפול (Replication) המתרחש בשלבי המיטוזה והמיוזה התאיים. השכפול הינו כיום תהליך מובן היטב, על שלביו ושחקניו הרבים. ביולוגים מולקולריים יודעים גם יודעים לגרום לשכפול בתנאים מלאכותיים ומחוץ לתא חי (במבחנה). למעשה, זהו אחד הכלים השגורים והאלמנטריים ביותר של הביולוגיה המולקולרית, ה-PCR. ובלעדי ה-PCR קשה לחשוב על מחקר אפשרי היום, וכל מעבדה שמכבדת את עצמה, ואפילו אלו שלא, מחזיקות מכשיר PCR אחד לפחות. תהליך ביוכימי הינו כינוי גג להמוני תהליכים, כולם מורכבים עד אין קץ ומופלאים עד בלי די. רובם ככולם מתרחשים באופן מבוקר וסיסטמטי. החל מסינתזה של חומצות אמינו וויטמינים, יצירת מאקרומולקולות סוכריות,שומניות, פפטידיות ונוקלאוטידיות, ועוד ועוד. איפה החסמים? באמת היכן? סוף המאה ה-20 מתאפיינת בהתפוצצות מידע ביולוגי והתקדמות טכנולוגית בשנות דור. תאמיני או לא, אך לדעתי הגורם המגביל עתה הינו בעיקר הגורם האנושי: כ"כ הרבה מה לגלות, ולא מספיק חוקרים. גם כסף, כמו תמיד, משמש תפקיד, ומימון נוסף יאיץ כל תחום מחקר. זה לא שעוד לא נותרו אניגמות ושאלות פתוחות, בודאי שכן, אך אלו הינם עמוק בעובי הקורה. רואה את עפ"י תשובותיי לך שהביולוגיה עברה כברת דרך מופלאה ושאלות עקרוניות רבות זכו כבר למענה. יש גם, חסמים שאינם באים מהכיוון המדעי, ובהם מצוי חסך של ממש: ההפנמה של הציבור הרחב למה שניתן לעשות כיום (שלעיתים נתפס לפאניקה וטכנופוביה בשל חינוך והסברה בלתי מספיקים), וכן הנושא המוסרי שהינו טעון ותלוי ברובו ללא מענה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
האם הבנתי נכון? מכשיר ה-PCR מאפשר למולקולות DNA לשכפל עצמן באופן "עצמאי" בדומה לתהליך שקורה בהתחלקות תאים? מהם התנאים העיקריים "שמייצר" המכשיר שמאפשרים את התהליך האם המכשיר מאפשר מיזוג של "חצאי" מולקולות DNA בדומה להפריה מינית? האם המכשיר מאפשר את יצירת המלוקולה "הסלילית" ממרכיביה הבסיסיים? כאשר הם מופגשים בתוך "המרק המפורסם"? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אכן כן, ה-PCR מאפשר שכפול מולקולות DNA בתנאים מלאכותיים ומבוקרים. אל ה-PCR מוסיפים נוקלטוטידים (אבני הבניין של ה-DNA), אנזים המחבר אותם יחדיו (Taq polimerase), רצף ה-DNA שברצוננו לשכפל, ומקטעי DNA קצרצרים (כ-20 נוקלאוטידים) הנקראים פריימרים (ומאתחלים את תהליך השכפול). המכשיר כעקרון משנה את הטמפרטורה במבחנה באופן מחזורי, לפרקי זמן וטמפ' מדודים. זהו בד"כ אינו תהליך של מיזוג רצפים דומים לרב ושונים במעט (כמו בהפריה המינית), כי אם, היצירה של המוני עותקים זהים למקור, בדומה להתחלקות התא. התוצר הסופי הינו ה-DNA הסלילי והידוע לטוב, והמרק ה-PCR-י דומה משהו למרק הפרה-ביוטי, בהיותי עשיר בנוקלאוטידים וטמפ' מזרזות קטליזה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לאחרונה הצליחו לייצר וירוס במעבדה: (לא ברור לי איך הידיעה הזאת עברה בשקט יחסי, כנראה שמינויה של דליה איציק לשגרירה בלונדון חשובה יותר). |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
בחייאט?! (גם על הוירוס וגם על דליה שפיציק) הלינק לא עובד. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אולי השרת היה מושבת כשניסית. הנה עוד לינקים: http://www.newsday.com/news/printedition/ny-hsvir122... ובטח הכי טוב באתר של המגזין Nature (לא יודע כתובת) שם פורסמה הכתבה. על דליה איציק אתה יכול לקרוא ממש כאן, באתר המצוין הזה1 במדור החדשות. ------------------------- 1 נסיון פאתטי להפיס את דעתו של דובי. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תודה ! קראתי ברגשות מעורבים: מאד מעניין, וגם מטריד. חיפשתי הסבר מעט יותר טכני למה המדענים בעצם עשו, והנה מה שמצאתי : (מתוך http://www.sciencenews.org/20020713/fob8.asp) הגנום של וירוס הפוליו נשלף כמידע (טקסטואלי) מן האינטרנט (פעולה שגרתית בחייו של ביואינפורמטיקאי), והופק באופן כימי טהור ע"י חברה מסחרית כרצף DNA. מכיוון שפוליו הוא וירוס עם גנום RNA ולא DNA, השתמשו באנזים (כנראה RNA polimerase) להפוך את הרצף המיוצר למתכונת RNA (הדומה מאד). ה-RNA הוכנס למבחנה בה מצויים חומרים דומים לאלו שבתוך תאים (כנראה ציטופלזמה שהופקה מתאים מפונצ'רים). הגנום המלאכותי יצר בסביבה זו את המבנה החלבוני המאפיין את הוירוס והתעטף בו. כדי לוודא שאכן נוצר וירוס פעיל באמצעים סינתטיים לחלוטין, מיצו החוקרים את הוירוסים החדשים מן המבחנות והזריקו לעכברים, אשר לקו בשיתוק ומתו, כמו בתגובה לוירוס הרגיל. יש לכך השלכות מפחידות למדי, והמילה Bioterrorism החדשה (ובשאיפה, לעולם לא אקטואלית) עלתה פעמים רבות. נובע ממחקר זה כי ניתן להקים לתחייה וירוס באמצעים כימיים, וזאת, גם לשימושים מזיקים כמו נשק ביולוגי. פוליו הוא מהוירוסים הפשוטים שקיימים, וספק אם יצלח בקרוב ניסוי דומה עם וירוס האבעבועות השחורות (מן המורכבים הקיימים), אבל זה כבר לא מכשול בלתי עביר, רק עניין של זמן. רק להזכיר, וירוס האבעבועות אחראי ל"מגיפה השחורה" שכילתה בעבר שליש מאוכלוסיית אירופה. לכן, גם אם נביא להכחדתו של וירוס כלשהו, כמו במקרה של האבעבועות השחורות, הוא עשוי לחזור לתקוף אותנו עקב בריאתו המחודשת ע"י מדען-פושע (נגד האנושות). במצב כזה, יש להחזיק בעתודות נוגדנים גם עבור סכנות שכביכול נעלמו מהעולם. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
מעניין. האם לא ניתן להמציא בתגובה וירוס מגן? שבמקום שיתקוף את האדם יתקוף את הווירוסים הנימצאים בגופו? ואו יגן עליו מכאילו עוד לפני שנכנסו לגופו. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כדי לייצר את וירוס האבעבועות השחורות, יש צורך במידע על הדנ"א שלו. האם גם זה שמור על הרשת ונגיש לכל? האם יש וירוסים כאלה חיים כיום? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
רשמית, ישנם וירוסים כאלה במעבדה אחת בארה''ב ואחת ברוסיה. אין בטחון מוחלט שמדינות נוספות לא הצליחו לשים ידן על הוירוס, וזאת היתה הסיבה לכך שהוחלט לא להשמיד את אלה הידועים. התוכנית היתה להשמידם, ולהכריז על הוירוס הזה כוירוס הראשון שהוכחד לחלוטין בידי האדם. אני כמעט בטוח שקידוד הדנ''א אינו נמצא ברשת, אבל לא נורא יפתיע אותי לשמוע שהאמריקאים שלחו אותו באימייל למישהו בבגדד, בשם חופש המחקר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כאמור, כל רעיון ההכחדה כבר פחות משמעותי אחרי ההישג המדעי שהושג על וירוס הפוליו. וירוס האבעבועות השחורות הוא *באמת* קולוסוס ויראלי, גדול ומסובך בהרבה מהוירוס הממוצע. אם הייתי רוצה ליצור וירוס מזיק, הייתי מתחיל באפיקים פשוטים יותר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
חיפשתי ב-GenBank (שם מפקידים מידע גנטי) ואבעבועות שחורות (SmallPox) לא מצאתי. כן מצאתי כל מיני אבעבועות מעניינות אחרות: CamelPox,MonkeyPox וכמובן CowPox (שעליו התבסס ג'אנר ביצירת החיסון הראשון בעולם). השם vaccin, אגב, מקורו במילה הלטיני Vaca שמשמעותה "פרה" (על שם אותו CowPox). נראה לי כמות המצבורים הלא רשמיים של הוירוס הזה ברחבי העולם, עולים על מספר המצבורים הרשמיים. מתי נלמד...? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אותי זה יותר מעניין מאשר מטריד. ארבע הערות: 1. משום מה הוירוס שנוצר הרבה פחות אלים מוירוס פוליו רגיל (כנראה שתהליך הייצור אינו מושלם), מה שמעלה את האפשרות להשתמש בו דוקא לחיסון מפני פוליו. 2. לפחות לשיטתם של אלה שכוללים וירוסים במה שנקרא "חיים" ההישג הזה הוא הישג כביר, סוף סוף הצליחו לייצר חיים במעבדה, מה שנחשב הרבה שנים לגיזת הזהב של הביולוגיה המולקולרית. האם הציטופלסמה מכילה איזשהם רכיבים שאינם ניתנים לסינתזה (מה שיפגע קצת בטענה על יצירת חיים)? 3. נראה לי שהרבה יותר קל להשתמש בוירוס קיים מאשר לסנתז אחד חדש לשימושים טרוריסטים. 4. תזכורת: להפגש קבענו, בעוד עשרים שנה נשווה מה שנבאנו על בן המבחנה. (אם לא נמות עד אז, מוירוס מסונתז) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם הפוליו לא מספיק לך, הרי החדשות על האבולה: (אבל גם הם טוענים שיותר קל להחדיר גן קטלני לחיידק/וירוס קיים מאשר להתעסק עם סינתוז וירוסים). |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
1. נכון, הוירוס שנוצר הוא פחות אלים, אך אין בכך תעלומה. החוקרים הכניסו שינויים קלים מכוונים בקוד הגנטי שלו על מנת שיוכלים להיות משוכנעים כי יציר כפיהם הוא שגרם למות חיות המעבדה. הם ציפו ששינויים אלו יהיו זניחים ולא יפגעו באפקטיביות הוירוס. ההפתעה היתה מיכולת להחליש את הוירוס באמצעים כה קלים, אך סיבת ההחלשה ברורה. 2. את דעתי על חיים אתה בודאי כבר מכיר. לגבי תכולת הציטופלסמה, זה תלוי איך מפיקים אותה ומה מסננים החוצה. אני מתכוון לקרוא קצת יותר על הניסוי הזה, ואז מקווה שיהיו לי גם תשובות יותר טובות. 3.קודם תשיג אחד, וגם תדאג שאחסנה ראויה, שלא ימות. 4. זה אתה! איש הנאנו.. היתה לנו התערבות. ? want to make it interesting הסתייגות מדבריי הקודמים: עלה בדעתי שאולי הלחץ הציבורי (ושלי) מהניסוי אינם לגמרי במקומם. הרי על וירוסים רבים (אני חושב שגם הפוליו) ידוע שיש חומצת גרעין אינפקטיבית, כלומר בעברית, שמספיק רק ה-DNA או ה-RNA כדי לגרום לתא לחלות (בניגוד לוירוסים שנזקקים גם לחלבונים ויראליים שהביאו מבעוד מועד). בהנתן זה, כל מה שצריך כדי לגרום לנזק הוא הגנום הויראלי, ומה זה בעצם משנה אם מקורו במחשב או מוירוס קיים? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ואם תציץ בלינק שהבאתי בהודעתי שכותרתה "פחד" תראה שגם עניין החלבונים נפתר כבר. התערבנו? בשמחה. ארוחה במסעדה הכי יקרה שתגיש בשר שיוצר במעבדה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תציץ כאן: http://www.newscientist.com/news/news.jsp?id=ns99993... | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
טוב, אז אם להיסחף קצת: רעב עולמי, וצמחונות (על רקע מוסרי) - OUT קניבליזם ואוכל מגעיל סטייל מאטריקס - IN. ואני תוהה אם נגיע למצב דומה לזה שבבלייד ראנר, בו ינשוף אמיתי עולה הרבה יותר מינשוף-סייבורג: האם מק-דונלד'ס מבשר פרה אמיתית יהפוך למעדן לעשירון העליון בלבד? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כמה שאלות: 1. מהו האורך (בחומצות גרעין) של הגנום של וירוס הפוליו? 2. ושל הוירוס הקצר ביותר המוכר לנו? 3. מה הסיכויים של DNA אקראי 1 להיות וירוס 2 ? 4. עד כמה יציב וירוס כגון הפוליו (דהיינו, כמה שינויים מקריים צריך לעשות כדי שהוא יפסיק להיות וירוס)? 1 מגרילים באופן בלתי תלוי חומצות גרעין3, ומחברים 2 דהיינו ללקט סביבו מעטפת חלבונית 3 את האורך אפשר לקחת מאחת משתי השאלות הראשונות |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תשובות בערבון מוגבל: 1. 7741 קשרי בסיס 2. 2700 " " (3200 אם אתה סופר רק וירוסי דנ"א) 3. זעירים והערה קטנה: הוירוס של פוליו לא מורכב מדנ"א אלא רנ"א. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תודה! אני סקרן לדעת אם אפשר להחליט האם וירוס "יפעל" רק בהנתן רצף הגרעין שלו. לכאורה זה צריך להיות אפשרי, ואז ניתן יהיה להמציא וירוסים חדשים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הניחוש שלי הוא שאנחנו1 עדיין רחוקים משם, אבל מתקדמים. תחום קרוב לזה הוא הנסיונות לנבא את המבנה המרחבי והתכונות של חלבונים וירטואלים, ותעשיית התרופות משקיעה שם הון תועפות (יש גם איזה שומר מסך ששמו נשכח ממני כרגע שבאמצעותו אתה יכול לקחת חלק בחישובים). אני בטוח שהכרוב החביב שלנו יאיר את עינינו כשיקפוץ הנה בפעם הבאה. ------------------------- 1 - "אנחנו" רק במובן הכללי של היותנו בני אדם. אני לא ביולוג. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
השאלות מצויינות! תרגום של רצף למשמעות (הגישה הביואינפורמטית), או אם תרצה, מגנוטיפ לפנוטיפ (הגישה הגנטית) היא אחד האתגרים הגדולים ביותר של הביולוגיה המודרנית. הרבה מאד ידע נצבר על רצפים (פרוייקטי הגנום למשל) ועל פונקציות סופיות (ביוכימיה, מטפחי צמחים וכו'), אבל הקשר בינהם עודנו רופף ומהווה צוואר בקבוק לעולם המדע והתעשייה הביוטכנולוגית כאחד. הדבר נכון לגבי ניבוי הפעילות של גנים, חלבונים, וגנומים פשוטים (כשל וירוסים). חלק גדול מהידע שנאסף מפורסם במאגרי מידע אינטרנטיים, לשימושם של מדענים ברחבי העולם. בינהם גם מסדי נתונים כמו Pfam, Prosite, Blocks ו-TransFac אשר כמו בהרכבת פאזל גדול, מתעדים לאט לאט את המשמעויות של רצפים קצרים, קטעי חלבוני וגנים (Domains, motifs). על סמך מידע זה ניתן לנחש בביטחון הולך וגובר את פעילותו של חלבון או גן חדש, אם כי, זהו עודנו ניחוש ויש להתייחס אליו בהתאם. אנו מצויים כיום במציאות אשר בה אולי אין לך את היכולת להמציא גן From scratch, אך תוכל באופן לקטני להדביק ולהחסיר מקטעים חלבוניים מוכרים ליצירת גן כימראלי חדש (כימרה ע"ש המפלצת המיתולוגית שהורכבה מחיות שונות). לגבי ניבוי פעילותו של אורגניזם שלם כמו וירוס (ובואו לא נסקול אותי שאמרתי אורגניזם על נגיף..), האתגר קשה שבעתיים. קודם כל, כאן לא מספיק להבין לאשורו גן או חלבון יחיד, אלא מספר רב גנים, ובנוסף, יש להבין את התזמון והאינטראציה בינהם. זהו מימד חדש של סיבוך לבעיה הקשה מאליה. שנית, מיקרואורגניזמים, ווירוסים בפרט, מכווצים את הגנום שלהם יותר מכיווץ MP3, ועושים דברים "לא חוקיים" במיוחד בשם החיסכון בגודל הגנום שלהם. למשל, להחזיק על אותו רצף מספר גנים חופפים, במסגרות קריאה שונות, ותוך שימוש נרחב בתופעות ה-Alternative-splicing וה-ReadThrough. סליחה על כל ה"קללות" הטכניות, באופן מכליל, אלו כולן תופעות המגדילות את מספר החלבונים היוצאים מגן יחיד, בסתירה לדוגמ'ה הישנה של "One gene - One protein". החסרון (מילה מאד סובייקטיבית שאפשר להתעלם ממנה אם רוצים) לוירוס, הוא שמכיוון שכל מרכיביו קשורים זה לזה באופן כה הדוק, כל שינוי ברצפו יגרור תופעות נלוות רבות נוספות. זהו הדין עבור כל גנום, אולם מייצג במיוחד אצל וירוסים, ולכן קשה כ"כ לנחש מה יעולל להם כל שינוי, ו\או, איך בעצם הם עובדים (אבל מצליחים, לאט לאט). זה מתקשר לשאלה שלך על סבילות הוירוסים לשינויים. במחקר שיצר את וירוס הפוליו הופתעו החוקרים לגלות שהשינויים שביצעו, שהיו אמורים להיו סמנים בלבד ולא ברי השפעה, התבררו כמחלישים עבור הוירוס. מצד אחד, הוירוסים מתבסס על שינויים תכופים המשנים אותו (כך הוא מסתגל לתרופות, סביבה ומערכות חיסון), ומאידך, לרב יהיו השינויים הללו מזיקים עבורו. מספרם העצום של הוירוסים הוא המגדיל באופן סטטיסטי את הסיכוי למציאת אותו שינוי חריג אשר ישפר תחת שיקלקל. ובעניין קשור, מידי שנה מתקיימת "אולימפידה" ביואינפורמטית, בה קבוצות חוקרים ומתכנתים מכל העולם מתקבצים וניתן להם רצף חלבוני אשר מבנהו נפתר, אולם בניגוד למקובל, נשמר בסוד ולא פורסם. הם אמורים להגיע לאותו מבנה באמצעות כליהם המחשוביים. לדעתי זה מדליק, גם עצם המעשה, וגם השילוב הזה בין מדע לספורט. בינתיים, כל שנה זוכה אלגוריתם אחר, ומכך עולה שעוד לא הגענו לנחלה, וכי ממשיכים להשתפר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אז הנה עוד שאלה מצויינת (לא כל-כך קשורה לכאן): הייתי רוצה לראות את הרצפים הגנטיים של כל המינים המוכרים לנו, ואת העץ האבולוציוני ה*אמיתי* שאפשר יהיה לחשב מהם. אני יודע שעובדים על זה; רק רציתי לומר שתזדרזו בבקשה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אתה יכול להתחיל באתר ה-NCBI, המכונה GenBank, בו מפקיד כמעט כל הממסד המדעי את המידע הגנטי שנאסף: הזירוז שלך מיועד יותר עבור מהנדסים ופחות לביולוגים (שכבר עובדים מסביב לשעון). בשביל לרצף את *כל* האורגניזמים המוכרים לנו, נזדקק לטכנולוגיות יותר מהירות וזולות לקריאת רצפים גנטיים. פרוייקט הגנום האנושים האיץ מאד, בשנות דור, את הטכנולוגיה בכיוון זה - ככה זה כששופכים הרבה כסף ואמביציה למקום אחד. אני מאמין שזה אך עניין של זמן עד שנוכל במחיר שווה לכל נפש לרצף את הגנום של כל אדם וכל חיה (בסגנון הסרט המצויין GATTACA). |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הנה, מזדרזים: |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
את זה אתה מכיר? http://tolweb.org/tree/phylogeny.html | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
"Please note that this tree has not been updated since 1995." (מופיע למשל ב- http://tolweb.org/tree?group=Mammalia)
|
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
באסה. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני באמת די מופתע מזה. בוויקיפדיה יש מדי פעם ויכוחים מרים על טקסונומיה. הסתבר לי שהתחום הזה עובר מהפכות וגילגולים חדשות לבקרים. מה קורה שם בעצם? | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני יודע על זה מעט מאד. טקסונומיה היא עניין מסובך, לפחות כל עוד לא נאספו ופוענחו חלקים גדולים מה DNA (ונדמה לי שגם בהנתן כאלה יהיה מקום לפרשנויות שונות. דוקא קראתי על זה לאחרונה אבל לא לגמרי הבנתי. רשמתי לעצמי לחזור לשם, אלא שאיבדתי את הפתק). ביולוגים, השמיעו קול. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לא שזה שייך הנה, אבל ראו: http://www.wcs.org/353624/mangabeypressrelease | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
פרשנויות שונות בהינתן DNA נובעות מכך שהעץ מחושב לפי פונקציית מרחק בין כל זוג רצפי DNA, אבל כמובן שישנן כמה פונקציות מרחק שבאות בחשבון. הדרך הכי טובה להחליט מהי פונקציית המרחק "הנכונה" היא (הפתעה הפתעה) לפי עץ טקסנומי שידוע לך מראש. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אגב, למה מכנים את זה בכלל עץ? הרי קיימת גם אפשרות שענפים שונים יתאחדו בשלב כלשהו לזן אחד, לא? האם העץ הטקסנומי הוא באמת עץ או שהוא גרף טקסנומי מכוון ללא מעגלים? | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ההתנהגות בשכבות הנמוכות יכולה להיות מאד מסובכת (למשל ספיגה של חלקי תא מיצורון א' לתאים של יצורון ב'), ושם התאור "עץ" הוא כנראה פשטני מדי. אבל כשמדובר ברב-תאיים, איך יכולים שני עלים להתאחד בחזרה? (כדי שזה יקרה צריכים מספר גדול של בני כלאיים ממינים ג' ו-ד' שיהפכו בתוך זמן קצר למין נבדל). | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
במקום להתלונן, רוצה לעזור? שלח לנו פעם בשבוע (או בכל תדירות אחרת שתבחר) ידיעה חדשותית נבחרת מעולם המדע, ערוכה ומוכנה לפרסום, בצירוף קישורים מתאימים. לא יכול להבטיח כלום, למעט זאת: זה יגדיל משמעותית את הסיכויים לפרסום ידיעות על וירוסים בצד ידיעות על ח"כים. הפניה היא לא רק אליך אישית, כמובן. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
You got it.
|
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
קרייג ונטר הבלתי נלאה, רק גמר את פרויקט הגנום האנושי וכבר הוא זומם ליצור חיידק מלאכותי: |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אבל למה קוראים לחיידק המהונדס "Bug" ?! | |
|
|
| חזרה לעמוד הראשי |  |
| מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים | |
 RSS מאמרים |
כתבו למערכת |
אודות האתר |
טרם התעדכנת |
ארכיון |
חיפוש |
עזרה |
תנאי שימוש
|
© כל הזכויות שמורות |