יותר גנים משחשבנו 25476
אתמול ב-Financial Times התפרסם מאמר על חברה מסחרית שממפה את הגנום, וטוענת כי גם סלרה וגם פרוייקט הגנום האנושי פעלו שאופן שגוי, וגילו רק גנים שהם קרובי משפחה של הגנים שכבר היו מוכרים לנו. Human Genome Sciences טוענת כי היא מחפשת גנים על ידי תפיסת RNA שליח - שמכיל העתקים של גנים - וניתוח המידע שבו. לטענתם, הם מצאו כבר לפחות עוד 60,000 גנים מעבר ל-‏30,000 שמצאו סלרה ופרוייקט הגן האנושי.
הבעיה היא שבגלל שמדובר בחברה מסחרית, הם לא מפרסמים מאמרים במגזינים מדעיים.

המאמר:

יותר מאמרים משחשבנו 25486
לא מדוייק, חוקרים בחברות מסחריות מסויימות מפרסמים מאמרים במגזינים מדעיים. ודי לחכימא...
יותר מאמרים משחשבנו 25487
אבל כאן תוצאות המחקרים קריטיות לרווח של החברה. הם מדברים בכתבה על להוציא מחקרים חלקיים, קטנים, עם גנים שלא זוהו ע"י הפרוייקט וסלרה. יש גם להניח שברגע שיהיה להם פטנט על גנים רלוונטיים (אפשר להוציא פטנט על גנים?) - הם יפרסמו את תוצאות המחקרים שלהם.

בכל מקרה, אם המחקר שלהם שגוי, הם נמצאים בצרות לא קטנות, כי הם השקיעו המון כסף בעסק, והמודל הרווחי שלהם בנוי על התאוריה שהוצגה.
פטנטים 25530
אפשר להוציא פטנטים על גנים , חלבונים,
חלקי חלבונים, על זן מסויים של חיידק או עכבר
שיצרת במעבדה ואני משער שגם על עוד דברים רבים נוספים.
אבל הוצאת פטנטים זה לא רק לחוקרים בתעשיה­
כמעט כל מדען שמוצא משהו חדש, בין אם הוא בתעשיה או באקדמיה,
יוציא על זה פטנט. אני שמעתי שיש כמה מיליונרים במכון
בזכות פטנטים שהוציאו.
אני יודע שהבוס שלי מקבל תמלוגים צנועים על גן שהוא
השתתף במחקר עליו לפני מספר שנים

וכמו שטענתי למעלה­ המחקר שלהם לא שגוי אלא
הדיווח שלהם מטעה
סביר להניח שהם ירוויחו הרבה כסף מזה
פטנטים 25668
אף מדען לא מוציא פטנט במכון וייצמן. כל הנושאים המסחריים הללו מטופלים על ידי חברת ''ידע'' שליד המכון, שהיא אחראית לפיתוח מסחרי של גילויים במכון. אם המדענים מקבלים כסף בעקבות כך - אני לא יודע, אבל נראה לי שלא, שכן המכון מעודד מחקר לשם מחקר, ולא מחקר לשם יישום מסחרי.
פטנטים 25671
אני באמת שלא מודע לפרטים הטכניים של איך מוציאים פטנט .
אני יודע שזה נעשה דרך "ידע" אבל לפי מה שהבנתי המדענים מקבלים
תמלוגים על הפטנטים ועל יישומם.

האנשים שעוסקים במחקר במכון, ככל הידוע לי, עושים זאת
מאהבת המחקר וצמאון לידע ולא מתאוות כסף.
מה שהם עושים זה לא דבר חדשני 25527
וגם לא סותר את התוצאות של סלרה ופרויקט הגנום
המספר 30000 מתייחס לגנים
אבל הפרדיגמה של גן אחד­חלבון אחד כבר מזמן לא נכונה
וזאת בגלל מנגנון שנקרא שחבור חלופי
כלומר הגן משועתק ל­RNA (הנקראת hnRNA)
ואז ה­RNA הזה משוחבר ליצירת רצף קצר יותר
שהוא זה שיוצא מהגרעין (RNAשליח) ומתורגם לחלבון
מנגנון השחבור מאפשר בעצם ליצור מספר שליחים שונים
מאותו hnRNA
אני לא אכנס אפילו למנגנון אחר שנקרא עריכה
(RNA editing)
לכן אין זה פלא שהם מוצאים מספר גדול יותר של "גנים" מאשר מה שדווח
אני בטוח שהם יודעים את זה ופשוט ניסו ליצור קצת הד תקשורתי

נקודה נוספת­ אם הם מרצפים רק רנא שליח אז הם כמובן מתעלמים
מגנים המקודדים למולקולות RNA אחרות שלא מתורגמות לחלבונים
וכאלו יש הרבה­ רנא ריבוזומלי, טרנספר רנא ועוד מספר רב
של מולקולות רנא קטנות שמשתתפות בתהליך כמו שחבור, עריכה,
ואולי גם תהליכים אחרים
מה שהם עושים זה לא דבר חדשני 25669
בכתבה מצויין כי מבקריהם טוענים כי מדובר בחלקי גנים, ולא גנים מלאים - ולכן הריבוי. החוקרים פוסלים את הטענה הזו. כמו כן, הם טוענים כי התיאוריה שאומרת שנוצרים חלבונים רבים מגן אחד היא שגויה, וחוזרים לגישה של גן אחד-חלבון אחד.
אז אולי הם פשוט רוצים לשנות 25670
את ההגדרה של גנים.
לא מספיק לזהות את הרנא שליח. צריך אחר כך
לחזור לדנא ולראות בדיוק איזה רצף מקודד לרנא שמצאת
ההרגשה שלי היא שאם הם יעשו זאת הם יגלו שרבים מהם זה
כתוצאה של שחבור חלופי
אז אולי הם פשוט רוצים לשנות 25682
איך יודעים איזה חלק של הגן לקחת? אם יש "סימני סיום" באמצע - האם אין מדובר במספר גנים? האם יתכנו שני גנים עם חפיפה חלקית?
הסבר (קצת מולקולרי) 25697
טוב,הגנים אליהם מתייחסים כיום מורכבים למעשה ממספר אלמנטים.
יש את איזור הפרומוטר שאינו נחשב חלק מהגן. איזור זה משמש לקישור של החלבונים שמשעתקים את הגן לרנא. תחילת הרנא (hnRNA)מגדירה בדרך כלל את תחילת הגן. הגן עצמו מכיל למעשה שני אלמנטים- אינטרונים ואקסונים. מערכת השחבור מוציאה החוצה את האינטרונים.
אנסה להסביר זאת בצורה גרפית:

הנה הגן:
ppp111iiiii2222ii3iiii444ttt
p=promoter
i=intron
t=terminator
המספר מציין מספר אקסון
ה-hnRNA הוא זה:
111iiiii2222ii3iiii444ttt
עכשיו- מערכת השחבור יכולה להוציא את כל האינטרונים כך שנקבל:
11122223444ttt
וזהו הרנא שליח שלנו
אבל בשחבור חלופי ניתן לקבל גם תוצרים אחרים:
1112222444ttt -רנא שליח ללא אקסון 3
או1112222ii3444ttt-רנא שליח עם האינטרון בין אקסון 2-3
או קומבינציות אחרות
השליחים האלו הם מה שמתורגם לחלבון
תרגום הרנא שליח לחלבון מתחיל בדרך כלל עם הקודון ATG. אבל לעיתים יש מספר קודונים כאלו בתחילת הרנא ואז יכולים להיווצר מספר חלבונים מאותו שליח.
אותו דבר לגבי סיום החלבון. יש מנגנונים שמאפשרים "דילוג" על קודון סיום תרגום עד לקודון הסיום הבא.
אני מקווה שזה עונה על השאלה השניה שלך.
לגבי השאלה הראשונה-בעקרון, אם אתה לא יודע מהם האקסונים ומהם האינטרונים, אתה יכול לקחת קטע קצר, נאמר מאה בסיסים שרוב הסיכוי שיהיו כולם באקסון או אינטרון מסויים, ולהשתמש בקטע הזה כ"גשוש" לגילוי של הגן.כמובן שאפשר גם להשתמש בקטע כולו.
טכניקה זונקראת Southern blot אבל אני לא אכנס לפרטים.
טכניקה אחרת שנוהגים להשתמש בה המון כי היא קלה ומהירה נקראת PCR.לשיטה זוכל מה שצריך זה רצפים קצרים של כ-‏20 בסיסים בשני הקצוות.
שיטות אלו מאפשרות לך לחזור בקלות (יחסית כמובן) מהרנא אל הגן.
לגבי שאלתך האחרונה-התשובה היא כן.
אני לא יודע אם זה קיים ביצורים אאוקריוטים או אפילו פרוקריוטים אבל זה קיים בוירוסים.
הסיבה היא שוירוסים רוצים לדחוס כמה שיותר מידע גנטי בכמה שפחות נפח. ואז יש מקרים של גנים חופפים חלקית.
גם עד כמה שזכור לי לוירוסים אין אינטרונים.
אגב, בחיידקים יש תופעה אחרת-
גנים פוליציסטרונים. אלו בעצם גנים שמקודדים למספר חלבונים אבל שלא כמו באאוקריוטים שם יש אקסונים ואינטרונים, במקרה הזה זה פשוט שלושה רצפים מקודדים הנמצאים על אותו רנא שליח, אחד אחרי השני.
מבחינה מעשית שלושה גנים שונים על אותו רנא.
אני מקווה שלא סיבכתי יותר מדי.
למקרות שמה שתיארתי כאן זה שיא הפשטות.
המציאות היא הרבה הרבה יותר מסובכת מזה.
הסבר (קצת מולקולרי) 25726
הכל טוב ויפה, למעט ההאנשה שאינה במקומה ומהווה נקודת תורפה מיותרת למתנגדי האבולוציה למיניהם. בפרט, כתבת "וירוסים רוצים לדחוס כמה שיותר מידע גנטי בכמה שפחות נפח", והכוונה כמובן "וירוסים שנולדו עם מוטציה שהובילה לדחיסת כמה שיותר מידע גנטי בכמה שפחות נפח שרדו טוב יותר", או משהו כזה.

(כן, אני יודע שהדבר ברור לך לחלוטין - יותר מאשר לי, ללא ספק - אולם כשחלק מהקוראים הם אנשי "Intelligent Design", חבל לפתוח פתחים לדיונים עקרים בשל ענייני ניסוח).
ניסוח 25729
או קיי
if you say so
" במהלך האבולוציה, היה יתרון לוירוסים אשר החומר הגנטי שלהם
היה דחוס כמה שיותר. זאת מכיוון שהנפח הפיסי (כלומר
נפח בננומטר מעוקב או whatever) הוא מוגבל בוירוסים אלו.
יש לציין שזה אינו נכון לגבי *כל*הוירוסים"

איך זה?
יותר גנים משחשבנו 140730
(טוף, פה נראה לי הכי מתאים, למרות שזכרתי שהיה עדכון חדשות בנושא פעם)
זהו, גמרו למפות את הגנום האנושי. עכשיו צריך לחפור במידע ולמצוא שם את המשמעות של כל גן:


חזרה לעמוד הראשי המאמר המלא

מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים