פרופ' יהודה באואר, חתן פרס ישראל בתחום חקר ההיסטוריה של עם ישראל, נולד בפראג בשנת 1926. ב-‏1939 היגר עם הוריו לפלשתינה.
ב-‏1960 קיבל את תואר הדוקטור לפילוסופיה של האוניברסיטה העברית על חיבורו ''ההגנה והפלמ''ח על רקע המדיניות הציונית במלחמת העולם השנייה''. את הקריירה האקדמית שלו התחיל כשנה מאוחר יותר במכון ליהדות זמננו באוניברסיטה העברית. בין השנים 1973-1975 ו-‏1977-1979 שימש ראש המכון ובשנים 1984-1994 היה יושב ראש אקדמי. במקביל ייסד את המרכז הבין-לאומי לחקר האנטישמיות ע''ש וידאל ששון באוניברסיטה העברית ועמד בראשו.
בשנים 1980-1995 שימש יושב ראש חוג הבית בבית נשיא המדינה שעסק ביהודים בגולה ובארץ ישראל, ובין השנים 1986-1995 גם היה העורך של Journal of Holocaust and Genocide Studies.
פרופ' יהודה באואר היה פרופ' חבר באוניברסיטת ברנדייס ובסמינר התיאולוגי היהודי JTS בניו יורק, היה פרופ' אורח באוניברסיטת ייל והונולולו, פרופסור בקתדרה ע''ש קינג בסטוקטון קולג' ג'רסי ובאוניברסיטה UCLA של קליפורניה.
ביום הזיכרון לשואה ולגבורה בשנת 1998 נאם פרופ' יהודה באואר בפני חברי הבונדסטאג. באותה השנה זכה בפרס ישראל.
בשנת 2000 נאם פרופ' באואר בפני הוועדה הבין-לאומית בשטוקלהום בנושא השואה. בשנה זו גם התמנה לחבר באקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.
פרופ' באואר היה ראש המכון הבין-לאומי לחקר השואה ביד ושם בין השנים 1996-2000. ומשנת 2000 הוא משמש יועץ אקדמי של יד ושם. הוא חבר במועצת יד ושם, בהנהלת המכון הבין-לאומי לחקר השואה, בוועדה המדעית של יד ושם, ובמערכת יד ושם – קובץ מחקרים. וכן הוא משמש יועץ אקדמי בכוח המשימה הבין-לאומי לחינוך, זיכרון וחקר השואה.
בין פרסומיו:
American Jewry and the Holocaust (1981)
השואה: היבטים היסטוריים (1982)
תגובות בעת השואה (1983)
יהודים למכירה? משא ומתן בין יהודים לנאצים 1933-1945 (2001)