 |
|
 |
||
|
||||
 |
מדוע אתה טוען שההבדל בין ששתאלפים לשלושרה אלף לשמונים אלף זה לא משמעותי? (ואגב לפי הדיווח של נייצ' ר השבוע יש כנראה רק סדר גודל של שלושים אלף גנים באדם וחוץ מזה ההבדל הוא יותר גדול ממה שאתה מציג דבר ראשון, זו טעות להגיד שכל גן מקודד לחלבון יחיד בעזרת מנגנון השחבור החלופי ישנם גנים שמקודדים לשניים שלושה חלבונים ואף יותר אמנם זה קיים גם בשמר, אבל פחות חוץ מזה לחלבון אחד יכולים להיות מספר תפקידים בתא תלוי במיקומו בתא , בתנאים בתא כמו ריכוז מולקולות מסויימות או טמפרטורה מסויימת ועוד תלוי גם בנוכחותם של חלבונים אחרים ואני אתן דוגמה ציטורכרום c הוא חלבון שעד לפני שנים אחדות חשבו שתפקידו הוא רק בהעברת אלקטרונים בשרשרת הנשימה והוא נמצא רק במיטוכונדריה מה שגילו לפני כשש שבע שנים זה שיש מקרים בהם הוא יוצא מתוך המיטוכונדריה ואז הוא מפעיל מנגנון שגורם למוות של התא מנגנון כזה לדוגמה קיים בתולעת בזבוב ובאדם אך לא בשמר נקודה נוספת- הצגת את זה כאילו האדם רחוק מהשמר כאילו הם בשני קצוות מנוגדים של הגלקסיה. הם לא יש הרבה מן המשותף בין שמר לאדם החל במנגנונים בסיסיים כמו שכפול שחבור שעתוק ותרגום ותיקון כמו גליקוליזה ונשימה וכמו יצירה של חומצות שומן או חומצות אמינו ומולקולות אחרות בתא אז נכון שבאדם יש לרוב מספר גדול יותר של חלבונים שמשתתפים בתהליך ומספר גדול עוד יותר של חלבוני בקרה אבל בגלובלי יש די הרבה מן הדומה נקודה נוספת ישנם מה שנקרא master genes אוhomeogenes שזו בדכ התייחסות לגנים שאחראים על התפתחות רקמות לדוגמה החלבון pax6 שאחראי על התפתחות עיניים ©בזבוב כמו גם בעכבר¨ אם מבטאים את pax6 בתאי רגל של הזבוב יתפתחו עיניים על הרגל בנוגע למעבר של מין אחד למשנהו זה לא חוכמה להגיד את זה אחרי מאה שנה של תצפיות. חכה עשרתלפים שנה ואז נראה לסיכום גם אני נפעם כל פעם מחדש מהמורכבות הנהדרת של התאים אבל זה גורם לי להאמין ביצור על שיצר את הכל אני כן חושב שעל פני ארבע מיליארד שנה האבולוציה התנהלה לה לאיטה לייצר חיידק שמר זבוב ואדם |
 |
 |
 |
|
|
|
||
|
||||
|
לינק למאמר בנייצ'ר ודוגמה לגבי אבולוציה מול עינינו: וירוס האיידס אשר בשנות השמונים היה מאוד אלים וכיום הוא פחות ובמשפט הלפני אחרון התכוונתי שזה *לא* גורם לי להאמין וגו' |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אולי יש לך מראה מקום לענין האלימות הפחותה של וירוס האיידס? כבר שמעתי את הטענה על החלשותו, אבל אני לא בטוח אם היא מבוססת. זה מאד מעניין. בשנות השמונים המאוחרות (או תחילת שנות התשעים) קראתי מאמר שניבא שזה מה שהולך לקרות משיקולים אבולוציונים. אם זה אכן קרה יש לנו דוגמא לתחזית שהוגשמה - בניגוד לביקורת המושמעת לפרקים נגד התקפות המדעית של תורת האבולוציה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
בספרו של סטיב ג'ונס "Darwin's Ghost" הוא דן באריכות בסוגיה הזו, ומראה כי אכן הייתה ירידה משמעותית באלימות הוירוס. שם גם יש מראי מקומות למחקרים עצמם. לצערי הספר אינו עימי כעת, ועל כן אינני יכול לחסוך לך את התיווך של הספר... | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
בהתפתחות אקראית ניתן היה לצפות למספר עצום של חלבונים, כשחלק קטן מהם ממלא תפקיד ממשי. בפועל, יש מספר קטן מאוד של חלבונים ואותם חלבונים ממלאים כמה תפקידים. היווצרות של חלבונים רב תפקודיים היא מאוד לא סבירה במערכת אקראית. היווצרות של מפתח אקראי הפותח דלת אחת היא דבר בלתי סביר כשהוא לעצמו. מפתח אקראי נפלא שפותח דלתות רבות הוא בלתי ייתכן בכלל. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
כשכבר נוצר מפתח פלאים כזה שפותח דלת אחת, ומנסים אותו על עוד ועוד דלתות, מתברר, למרבה הפלא, שפה ושם הוא פותח דלת נוספת. אצלי בבית, אותו מפתח פותח את כל הדלתות הפנימיות לאחר ששייפתי אותו מעט (אבולוציה בפעולה). מה עוד שגם המנעולים בדימוי שלך (רצפטורים אני מניח) עוברים שינויים ו''מתאימים'' את עצמם למנעולים שונים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אין חלבונים ללא תפקיד אבל חלק גדול מהגנום האנושי מכיל מה שנקרא זבל הזבל הזה הוא רצפים (בד"כ חוזרניים) אשר ככל הידוע כיום לא מקודדים לרנא וגם לא משתתפים ברגולציה של שעתוק המחשבה כיום היא שהם לא נעלמו באבולוציה מכיוון שיש להם יתרון מבחינת הגנה הגנים שכן מקודדים לרנא מדוללים על פני הגנום וכך במקרה של נזק לדנא כמו למשל קרינה יש פחות סיכוי שרצפים חשובים יפגעו. ממצאים תומכים מראים שמנגנוני התיקון עובדים קודם על רצפים מקודדים ואחר כך על רצפי זבל חוץ מאלה יש גם הרבה פסאודוגנים כלומר עותקים לא מושלמים של גנים קיימים. אני לא בטוח מה החשיבות של פסאודוגנים אבל אני יכול לשער שיש להם חשיבות ברגולציה של שעתוק ואולי גם כגורם מדלל לנזקים כמו גם בתהליך כמו שחלוף הגנום גם צבר במהלך האבולוציה רצפים פגומים של וירוסים שעברו אינטגרציה לגנום לגבי חלבונים שממלאים מספר תפקידים כאן נכנס הנושא של דומיינים. כוונתי היא למודולה מסויימת בחלבון שאחראית לתפקיד מסויים לדוגמה יש דומיין שאחראי לפוספורילציה ודומיין שאחראי לדהפוספורילציה ודומיין שאחראי לחיתוך חלבונים ודומיין קישור לדנא וכו סביר להניח שהדומיין השה התפתח ביצור הפרימיטיבי הראשוני ושוכפל שוב ושוב ושוב כאשר הוא (באקראי) הוכנס כל פעם לחלבון אחר וכך נוצר חלבון שיש לו דומיין פוספורילציה ודומיין של קישור לדנא והופ יש לך חלבון עם שתי פעילויות העניין הזה עם המודולריות תופס היום המון תאוצה האנלוגיה עם המפתחות במקרה הזה היא לדומיינים השונים ולא לחלבון אתה יכול לראות את החלבון כצרור מפתחות כאשר כל מפתח פותח דלת אחרת. אתה יכול להוסיף מפתחות לצרור או להחליף מפתחות מצרור אחר ואז יש לך חלבון עם פעילויות אחרות |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
רציתי לשאול אותך, אולי תדע להסביר לי בצורה יותר מפורטת: הסיפור הזה עם ה"הגנה ההסתברותית" שמספקת כל מסת הדנ"א שאינה מקודדת לחלבונים לדנ"א שכן מקודד. האם זה לא קצת מופרך? האם גם במקרה הזה "אלוהים משחק בקוביות"? קטונתי (מאוד), אבל אני לא ממש משתכנע מההסבר הזה, האם הוא מצדיק את קיומה של כל המסה הזאת? (למרות שבוודאי קיים לחץ סלקטיבי להקטין את כמות הדנ"א בתאים) האם בשמר (שבו אחוז הדנ"א שאינו מקודד קטן מאוד יחסית לאדם) ישנן יותר מוטציות ברצפים מקודדים? אנא ממך תן איזה טיעון שיסיר מליבי ספק. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לגבי ההגנה ההסתברותית כפי שקראת לה: הרעיון הוא באמת לדלל את הגנים המקודדים כדי שהם יפגעו פחות ואם לתת לך באנלוגיה כפי שנהוגבאתר זה קח דף נייר עם מאה משפטים ותפיל עליו טיפה טיפקס הטיפקס ימחוק לך אחת האותיות באחד המשפטים עכשיו בין כל משפט תכניס עשרה משפטים שלא אכפת לך שיינזקו עכשיו תשפריץ טיפה טיפקס מה הסיכוי שתפגע באחד המשפטים המקוריים? סיכוי קטן לעומת הדף הלא מדולל כנראה שהיתרון הזה הוא מספיק בנוסף, כפי שאמרתי למעלה הראו בניסויים שרצפי זבל מתוקנים ע"י מנגנוני התיקון מאוחר יותר מאשר רצפים מקודדים יותר מכך להזכירך הדנא הוא סליל כפול ובכן, הראו שיש הבדל במהירות התיקון בין הסליל המשועתק לסליל הלא משועתק את כל זה אני מביא לפי מה שלמדתי בקורס של מנגנוני תיקון דנא ומוטגנזה לגבי ההבדל בין שמרים לאדם מבחינת תדירות מוטציות בגנים לעומת זבל אני לא יודע אם זה נבדק אי פעם אז אני לא יכול לתת לך עובדות אבל אני מתאר לעצמי שכן חוץ מזה אני לא בטוח שיש לחץ להקטין את הגנום בתאים למרות שזה אומר עוד השקעת אנרגיה בשכפול וב maintanence אבל בוירוסים כן יש לחץ להקטנת הגנום למינימום כי יש רק גודל מקסימלי שיכול להכנס למעטפה החלבונית לכן בוירוסים רבים יש מקרים של גן יחיד אשר מקודד לכמה חלבונים ויש מקרים של overlapping ושל גנים משני צידי הסליל ועוד שיטות כמובן שזה לא נכון לגבי כל הוירוסים יש ויש זהו אני צריךלחזור לניסוי...:-) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הערה של הדיוט: ההסתברות לשגיאות העתקה בחלקים המשמעותיים של הדנ"א אינה משתנה לטובה ע"י הוספת קטעים לא מקודדים, אלא אם כן מנגנון ההעתקה מייצר במכוון מוטציות ("מטפטף טיפת טיפקס"). סבירה יותר השערתו של דאוקינס שזה פשוט דנ"א טפילי שהלחץ האבולוציוני להסרתו קטן כי הוא אינו עולה הרבה. אפשרות נוספת היא שהקטעים האלה הם "מלכודות וירוסים" - אם אותה טיפת טיפקס היא בעצם פגם שנגרם ע"י חיתוך הדנ"א ע"י וירוס כי אז יש הגיון בקטעים ארוכים לא מקודדים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
junk DNA אינו מונע שגיאות בשכפול של גנים אבל בלי קשר לזה לזבל דנא בהרבה מקרים יש שגיאות שכפול יותר מאשר בגנים הסיבה היא שחלק גדול של הזבל הוא רצפים חוזרניים כמו למשל רצף של שלוש אותיות שחוזר על עצמ ו עשרות מאות ואלפי פעמים ואז קורה שבשכפול האנזים המשכפל מחליק ומנגנון השכפול אינו מייצר במכוון מוטציות. להיפך זהו מנגנון מאוד מתוחכם שנועד להקטין את הטעויות אם אני לא טועה למשהו כמו אחד לעשר בתשיעית כמובן שיש יוצאים מן הכלל כמו למשל וירוס HIV בכל אופן, זה נראה לי שכבר הבהרתי את היתרון של דילול הגנים בזבל דנא להקטנת נזק *חיצוני* לדנא |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לא הבנתי את הטענה שלך. למה שיהיו הרבה חלבונים מיותרים? יצירת חלבונים יוצרת עומס יתר על המערכת. הברירה הטבעית, על כן, תברור את אלו שמשמרים אנרגיה יותר טוב. יתכן כי בעבר אכן לכל חלבון היה תפקיד אחד, אך לאיתם התפתחו חלבונים שמבצעים מספר תפקידים, ובכך תרמו לשיפור ניצול האנרגיה יש היצור - ובכך שיפרו את סיכויי השרידה של המין. היווצרות של חלבון שמבצע תפקיד אחד היא סבירה למדי. האפשרות שהחלבון הזה, אם נוצר צורך, יוכל לשמש לעוד משהו בשינוי קל - הוא עדיין סביר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
"מספר קטן מאוד של חלבונים ואותם חלבונים ממלאים כמה תפקידים" זה ציטוט שלך בגנות האקראיות אבל זוהי בעצם מהוה של האבולוציה, כמה כלים בסיסיים שהיצורים משתמשים בהם שוב ושוב ושוב בפעולות שונות ומגוונות. אתה נתת אנלוגיה של מפתחות? (שוב נתת אנלוגיה) ואני אחזיר באותה המטבע ואביא אנלוגיה משלי מזון אתה לוקח תירס ומשתמש בו ליצירת מספר ומגוון רחב מאוד של מאכלים שונים זה מזה אך דומים בבסיסם, או משתמש בו בכלללייצור של חומרי ניקוי במקום למאכל. אותו הדבר עם החלבונים ישנם כמה שנוצרים חלק מתאימים מאוד ולכן הם יכולים להיות משומשים בכמה וכמה תהליכים שונים זה מזה אך דומים בבסיסם. וחלק לא מתאימים מאוד ומשמשים רק בתפקידים ספציפיים או שלא מחזיקים מעמד כלל ונעלמים מהר מעל הבמה. אין פשוט והגיוני יותר מזה אני לא מבין איך אתה רואה את האבולוציה אם אתה לא רואה אותה כך. |
|
|
|
| חזרה לעמוד הראשי | המאמר המלא |
| מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים | |
 RSS מאמרים |
כתבו למערכת |
אודות האתר |
טרם התעדכנת |
ארכיון |
חיפוש |
עזרה |
תנאי שימוש
|
© כל הזכויות שמורות |