בתשובה לצפריר כהן, 03/02/10 21:37
 |
|
 |
||
|
||||
 |
אז תן לי לנסות דוגמה אחרת. קח מערכת הפעלה, מערכת ההפעלה כתובה בקוד לכן ניתן לכתוב אותה כשרשרת של אפסים ואחדים. עכשיו תשנה את הקוד על ידי זה שרנדומלית תשנה את אחד האפסים לאחד או את אחד מהאחדות לאפס. ההסתברות שתגיע למערכת טובה יותר בתהליך כזה, בלי שתגיע באמצע למערכת שלא מתפקדת כלל נראה לי נמוך באופן מזעזע. השאלה היא מה אני מפספס. |
 |
 |
 |
|
|
|
||
|
||||
|
נראה לי שהפספוס שלך הוא בדרישה ''בלי שתגיע באמצע למערכת שלא מתפקדת כלל''. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
האמת, זאת נראית לי הדרישה הכי בסיסית. אם כתוצאה ממוטציות קיבלת בעל חיים שלא מסוגל לתפקד ממילא אין לו צאצאים והשרשרת נפסקת. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
נכון, אבל את אחיו ואחיותיו (שלא עברו אותה מוטציה) זה לא הורג, ולא מונע מהם לעבור מוטציות אחרות, כך שהמשחק נגמר עבור הפרט הספציפי, אבל לא עבור שאר המשתתפים. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
התשובה לתמיהה שלך היא כנראה ביתירות הרבה של מערכות ביולוגיות. אגב, בתוכנה יש תופעה מוזרה- המוני מוצרים תוכנתיים קיימים מתפקדים ונמכרים היום למרות שיש בהם טעויות. את טעויות התחביר המהדרים מנפים מייד, אבל טעויות אחרות שורדות היטב, ולפעמים מתגלות רק אחרי שנים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
1) אנא הרחב 2) האמת מהדר נראה לי אפשרות טובה ובאמת משהו ששווה לבדוק האם הוא קיים בטבע. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
דבר הדודה: לא כל הכרומוזומים "עוברים קומפילציה" (לדוגמה: מתורגמים לחלבונים) במהלך החיים הרגיל של התא. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אותו החלבון מייוצר בעקבות כל מיני מקומות בדנא ולכן אם עותק אחד נדפק הוא מייצר חלבון פגום ( או שהוא לא מייצר כלום) אבל העותקים הנוספים ממשיכים לייצר. זה לא תמיד עובד, ויש הרבה מחלות גנטיות שנובעות מכך שחלבון מסויים לא מיוצר, אבל בהרבה מיקרים זה לא הורג את היצור (נניח חולי צליאק או גושה). המהדר אמנם קיים בטבע, נדמה לי שקוראים לו P53. אמנם, תשאל איך נוצר הP53 ואני לא בדיוק יודע, אבל אני מניח שיודעים משהו בנושא. קראתי פעם שכתבו את הקומפיילר של C ב C. על הP53: |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
תודה רבה על הקישור, אני אשתדל לקרוא בנושא. לגבי הקומפיילר אני משער שאת הקומפיילר הראשון לא כתבו בc אם כי סביר להניח שחלק מהקומפיילרים אכן נכתבו בc. לסיום תיאור משועשע של c: c, שפת תוכנה עם כל הכוח של שפת מכונה בצירוף כל האלגנטיות של שפת מכונה. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם אתה מתעקש על להקביל מהדר למערכת ביולוגית, לא הייתי בוחר דווקא בP53. אפשר למצא מהדרים בכמה רמות, פגיעה בחלקים מסויימים בדנ"א ימנעו מגן להיות משועתק. שינויים אחרים בגן יגרמו לפירוק של הרנ"א לפני הפיכתו לחלבון (nonsense mediated decay) וחלבון שלא עונה על קריטריונים מסויימים יפורק מהר מאוד. ברמה גבוהה יותר, אם החלבון מפריע לעובר לעבור שלבים מוגדרים מאוד ושמורים של התפתחות עוברית (זו אחת הסיבות למה עובר של אדם דומה מאוד לעובר של יונקים אחרים) יש סבירות גבוהה להפלה (שזה חסכון אנרגטי ואפשרות להריון אחר בהקדם, מנקודת מבט אבולוציונית). לגבי אלגוריתמים גנטיים, בתיכון1 כתבתי כמה והם עובדים עבדו נהדר (מספיק טוב כדי למצא באג בקוד שמריץ אותם ולמלא את הדיסק עד תום בעתקים של עצמם), כותבים את עצמם מאפס על סט כללים מוגדר. מה שחשוב לזכור הוא, שהקוד אמור לרוץ בכל מקרה, כך ששגיאות קומפילציה לא יגרמו למחשב לנפות 99% מהשינויים בכל שלב. לדוגמא אפשר לחשוב על מכונת טיורינג, כשכל פעולה בסיסית שלה מיוצגת ע"י מספר. הקוד הוא אוסף המספרים. רווח או כמה רווחים יכולים להיות סוג של יתירות נגד "frame shift", שזו כן בעיה בקוד ביולוגי. 1 הווה אומר מזמן. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הבדיקות הללו מופעלות על גנים שמתבטאים לחלבונים. חלקים מה־DNA שלא מנסים לייצר מהם חלבונים לא ייבדקו כאן. זה נראה יותר כמו בדיקה של זמן ריצה מאשר בדיקה סטאטית. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
חלקים שלא מקודדים לחלבון רגישים הרבה פחות למוטציות, לכן גם השימור שלהם בין יצורים שונים נמוך בהרבה. אין סיבה לבדוק. כשאתה לא ממש יכול לשכתב את הקוד שלך בדור הזה, לפעמים להשתיק קוד גרוע מהווה פתרון טוב מספיק1. זה לא ממש זמן ריצה, כי דנ"א בד"כ לא עושה כלום עד שהוא הופך לחלבון. רוב ההשמדה היא לפני כן. גם בהתפתחות עוברית, בעיות גנטיות קשות גורמות להפלות בד"כ לפני שהאישה יודעת שהיא בהריון, "זמן ריצה" יכול להיות כמה חודשים לאחר מכן כשאיברים מתפתחים או אפילו שנים מאוחר יותר. 1 ואולי הוא עובר השתקה אפיגנטית ובכלל לא הופך לרנ"א ? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הנקודה היא שמוטציה עתידית יכולה לגרום להם להתחיל להתבטא. כמוכן שים לב שהדוגמה הבעייתית של מישהו היא בכלל אצל חידקים, שלהם תא פחות מורכב. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
"שינויים של אחד לאפס" אינם השינויים הלגיטמיים היחידים. שינויים אחרים הם: * הוספת או הורדת אחד או אפס באמצע השרשרת. * חיבור חלקי קוד שונים בסדר אחר. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם נשארים במחשבים אז כיוון שלכל אות יש בדיוק אותו אורך שרשרת הורדת אפס או אחד יעשה כזה שינוי שכמעט בטוח שנקבל ג'יבריש. אותו כנ"ל לחבי חיבור חלקי קוד, אלא אם כן בחלקי קוד אתה מדבר על חלקים מוגדרים ולא על סתם חלקי קוד ואז השאלה איך אתה יודע לזהות אותם. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
לא כל קוד התוכנית יורץ בפועל. מיקום אסטרטגי (או לחילופין: מספיק צפוף) של הוראות קפיצה יאפשר לדלג על קטעי קוד רבים. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
ננסה להביט על מעבר אפשרי משעון לנגן.אם נניח נוצרה יחידת הזכרון לתואם mp אז צריכים שישתנו גם חלקים אחרים(למרות שהידע שלי באלקטרוניקה מוגבל)כמו קלט פלט חדשים עבור הmp וגם לחצנים חדשים עם חיווט חדש המאפשרים לתפעל צג אפשרויות חדש שלא היה קיים בשעון.אפילו במעבר להווצרות חיבור לאזניה מדובר בקפיצה הדורשת חיבור לאוזניה ואת הקלט פלט הנדרש לעיבודה.גם מסך נדרש במעבר,והוא בעצמו כולל כמה חלקים הכרחיים.כלומר לא ניתן לעבור ,ללא קפיצות גדולות בדרך,הכוללות כמה רכיבים בו-זמנית. כנ'ל לגבי המעבר ממערכת הזרקה חיידקית לשוטון-מערכת ההזרקה אינה כוללת מנגנון תנועה מבוסס ציר חופשי.בהנחה שאנו צריכים לשנות מערכת הזרקה לשוטון נצטרך לפחות את הרכיבים הבאים:ציר חופשי,מנגנון אנרגטי כלשהו וזנב השוטון.מדובר לפחות ב3 רכיבים הכרחיים.אין צעדים קטנים ממערכת x ל y. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
למה הכוונה ב"מנגנון אנרגטי כלשהו"? לפי התאור הזה נראה לי שזה משהו שיש לו כמה שימושים מועילים אחרים1. זנב קצר יכול לשמש כקרס. 1 לדוגמה: לירות לייזרים על חיידקים אחרים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הרי משתמשים באלגוריתמים גנטיים בדיוק בשביל לטייב מערכות תוכנה, ודווקא כאשר מרחב החיפוש הוא עצום. אל תשכח גם שאבולוציה היא איננה אקראית, כמו שהבריאתנים אוהבים לטעון. תכונות מוצלחות נורשות לצאצאים. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני לא מכיר עד הסוף איך אלגוריתמים אבולוציוניים עובדים, אבל קשה לי להאמין שהם עושים את זה בשיטה המזעזעת שהצעתי. סביר להניח שהבחירה הרנדומלית היא על קטע תוכנה ולא על כל השרשרת שמייצגת את כל התוכנה. חוץ מזה לפני שמגיעים לבריאתנות מעניין לראות איך המהדרים עובדים. אז אני עדיין לא יודע עליהם כלום אבל בתור דוגמה אם מסתכלים על תוכנות אז אחד הדברים הבסיסיים להגיד הוא שאסור להחליף רווח באות, רק מהתנאי הפשוט הזה שיפרת את האלגוריתם שלך בסדרי גודל. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
בנוגע למנגנון אנרגטי כלשהו-אתה אכן מנחש נכון.מדובר במנוע atp,המשמש גם במקומות אחרים בגוף.אולם פה מצויה הבעיה:לא ניתן לתאר הווצרות מערכת בלתי פריקה על ידי שאנו לוקחים רכיב ממערכת בלתי פריקה אחרת.שהרי כך לא פתרנו את הבעיה אלא הזזנו אותה למקום אחר(שהרי מערכת atp כיצד נוצרה?).בדיוק כמו לגבי טענת המעבר ממערכת הזרקה לשוטון.וגם כך,גם אם השוטון נוצר על ידי רקומבינציה של רכיבים ממערכות אחרות,נשאלת השאלה מהו הסיכוי שמנוע atp יקפוץ לו בגנום להתחבר(אגב,חייבים אתר חיבור בatp לשוטון)עם עוד כמה רכיבים אחרים בו זמנית, בגנום של 3 מליארד אותיות,בכדי ליצור שוטון מתפקד.כמובן שהסיכוי לכך קלוש עד לא קיים. בנוגע ל"האבולוציה אינה אקראית"-היא אכן לא אקראית. ברגע שנוצרה מערכת מתפקדת,הברירה הטבעית יכולה לקחת פעולה.אבל החלק האקראי קיים עד להשלמת מערכת מתפקדת.ואם עבור מערכת מתפקדת מינימלית נדרשים מינימום 3 רכיבים(כל אחד מורכב מ50 בסיסים)אז מדובר בהגרלה אקראית לגמרי של 150 אותיות גנטיות. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
בדקת את כל המסלולים האפשריים? מישהו אחר בדק? | |
|
|
| חזרה לעמוד הראשי | המאמר המלא |
| מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים | |
 RSS מאמרים |
כתבו למערכת |
אודות האתר |
טרם התעדכנת |
ארכיון |
חיפוש |
עזרה |
תנאי שימוש
|
© כל הזכויות שמורות |