בתשובה לעופר, 05/05/06 21:39
טורקל פרנזן 383144
אם אני מבין נכון, אתה שואל שתי שאלות שונות, או שאלה ומטא-שאלה.

1. קיפול חלבונים.

"אם אנחנו מניחים שזהו המנגנון (פתרון בשלבים)" - אני לא רואה כל סיבה להניח דבר כזה, אבל גם אם כן...

"מספר הצירופים האפשריים הוא כזה..." - גם אם חלבון היה מתקפל חומצת-אמינו-אחרי-חומצת-אמינו (והוא לא), אני לא רואה קשר למספר הצירופים האפשריים (צירופים של מה?)

מקובל (מאוד) להניח שחלבונים אכן מתקפלים (בתנאים ביוכימיים סבירים) לצורה הנקבעת, במידה רבה של דיוק, ע"י המבנה הראשוני שלהם (הרצף של חומצות האמינו). אפשר בהחלט להסתכל על התהליך הזה כאל "חישוב" דטרמיניסטי, ובתור שכזה הוא ניתן תיאורטית לביצוע ע"י מכונת-טיורינג. עם זאת, אין טעם בהסתכלות הזו כשמדובר על החישוב ה*מעשי*; מכונת-טיורינג היא המחשב הכי לא מעשי שנהגה מעולם. אין שום מקביליות בחישוב-טיורינגי, אך כל תהליך טבעי מערב דרגה גבוהה מאוד של חישוב-במקביל (חשוב כמה דברים קורים במקביל בתא חי אחד).

חלבון מתקפל בתהליך דינמי המושפע, בכל רגע נתון, מהכוחות הפועלים על כל אטום בכל אחת מחומצות-האמינו. "מספר הצירופים האפשריים" של המבנה המרחבי הוא אכן אסטרונומי, אבל תהליך הקיפול לא סורק אותו ביסודיות; הוא לא סורק אותו בכלל.

מכונת-טיורינג הומצאה כדי לדון בשאלה מה *אפשר* לחשב, לא מה אפשר לחשב *בזמן סביר*. השאלה הראשונה, מסתבר, אדישה לחלוטין להבדל בין לעבוד על מיליון דברים במקביל לבין לעשות בכל רגע משהו פצפון אחד.

אפשר לסכם את שפע הפסקאות שכתבתי כאן בתהייה אחת: אני לא כל כך מבין את ה"פרדוקס המעשי" של ד"ר עופרן.

2. פרדוקסים בטבע.

"תוצאה בלתי אפשרית שמתקיימת בפועל" הוא ביטוי בעייתי למדי, הלא כן? אם היא מתקיימת בפועל, היא בוודאי אפשרית; ואם, contrariwise, היא אפשרית, היא לא בלתי-אפשרית. That's logic. לכל היותר היא תוצאה ש*נראית* לנו, בבורותנו, לא אפשרית, או נראתה לנו כזו עד אתמול בבוקר.

העולם הממשי הינו מה שהינו, הוא לא צריך את האישור שלנו לחיות או לא לחיות עם "פרדוקסים מעשיים". לאורך ההיסטוריה אנשים שניסו להבין את הנעשה בטבע נתקלו, לא פעם ולא פעמיים, בדברים שנראו "פרדוקסליים". כשזה קורה, נדיר מאוד שמקבלים את התשובה "ככה זה" ככה סתם. הרבה יותר טבעי (או אנושי) לנסות "למצוא לכך תשובה נטולת פרדוקס", כדבריך, כלומר להרחיב או לשנות את כללי-המשחק כך שבמשחק החדש הבלתי-אפשרי הופך לאפשרי: אנשים באוסטרליה יכולים לעמוד בלי ליפול לשמיים, הטבע מפסיק לפחד מרִיק, חלקיקים קצרי-חיים יכולים להספיק להגיע מהשמש אלינו וגֶן אחד יכול לקודד עשרה חלבונים שונים.

אם המערכת שלנו לתיאור העולם כוללת פרדוקס אמיתי - למשל, שזה גם נכון וגם לא נכון שלחלבונים יש מספיק זמן להתקפל - אז, מסיבות לוגיות מקובלות, אפשר להסיק שהמערכת לא שווה שום-דבר. האם יש הכרח *לוגי* להחליף אותה? לא ממש. אפשר להישאר בורים, או אדישים - אין חוק בלוגיקה הקובע שעלינו לתאר היטב את המציאות. אבל כל עוד אנחנו מנסים לעשות זאת, אז כן, רצוי למצוא מערכת חלופית במהרה.
טורקל פרנזן 383164
תודה על תשובתך.
הפואנטה של השאלה שלי היתה בעצם השורה הראשונה בסעיף השני של תשובתך - כלומר הפרדוקס שבמשפט "תוצאה בלתי אפשרית שמתקיימת בפועל". נראה שגם אתה מקבל שבלוגיקה יש יותר מסתם תרגיל אינטלקטואלי, שכן אתה חושב שאתה צריך להבין את העולם הממשי במסגרת ההגיון.
ברור שהדיון אינו נגמר כאן, אבל אולי בכל זאת המהפכה של גדל יש בה יותר מאשר "סתם" תרגיל בלוגיקה?
טורקל פרנזן 383168
אבל גדל לא הצביע על סתירה כלשהי במציאות המוכרת לנו. הוא פשוט הראה חולשה במערכות לוגיות *מתמטיות* מסויימות.
טורקל פרנזן 383834
"אולי בכל זאת המהפכה של גדל יש בה יותר מאשר "סתם" תרגיל בלוגיקה?" - אני לא חושב שמשפטי גדל הם "סתם" שום דבר, אבל לא ראיתי מעודי שום נימוק הקושר אותם להבנת העולם הממשי, נניח הביולוגי. יתרה מזו, שטחתי כאן כמה פעמים נימוקים לכך שאני חושב שבאמת אין קשר כזה, לא רק שעוד לא מצאנו אותו.

יש כאן, אולי, בלבול במונחים: ה"לוגיקה" בה אנו משתמשים להבין את העולם היא לא הלוגיקה עליה משפטי-גדל מדברים. האחת היא אוסף מצומצם ודי באנאלי של כללי-היסק; השנייה היא משפחה של תורות ספציפיות, עשירות מאוד, שבכלל לא ברור מה הקשר בינן ל"עולם הממשי", ואם יש קשר כזה. אני חושב שהפער הזה כבר הוזכר כאן בדיון: מערכת כללי ההיסק המקובלת זכתה לקבל מקורט גדל משפט של *שלמות* דווקא. משפט אי-השלמות מדבר על (אי) שלמות אחרת, בהקשר אחר, והמהפכנות שלו מוגבלת להקשר הזה.

אתה אומר, בערך:

1. לוגיקה הכרחית להבנת העולם הממשי
2. משפטי גדל חוללו מהפכה בלוגיקה
--> משפטי גדל אומרים משהו דרמטי על הבנת העולם, ואם לא, אז הנחה 1 שגויה, כלומר אולי לא צריך להתאמץ להבין את העולם בעזרת לוגיקה.

אני אומר, בערך:

1. כללים לוגיים פשוטים הכרחיים להבנת העולם הממשי (אפילו בכתביהם של פילוסופים פוסט-מודרניים קיצוניים תמצא את הביטוי "ולכן")
2. משפטי גדל חוללו מהפכה בהבנתנו מערכות אקסיומטיות של האריתמטיקה
--> כלום.

זה קצת מוקצן, כמובן. אני באמת חושב שלכל פילוסוף - לא רק של המתמטיקה - כדאי להכיר את משפטי גדל, הם יוצאי-דופן ומאירי-עיניים. אני רק מתעקש שינסו להכיר את משפטי-גדל כמות שהם, וייזהרו מהנטייה (הרווחת בציבורים מסויימים בתקופות מסויימות - אין כוונתי אליך!) לעשות מהם משהו שהם לא.
טורקל פרנזן 384053
מובן שאפילו פוסט מודרניסטית קיצונית מסוגלת לאמר, "*ולכן* יש יכולת לברור דרך אחרת להתמודדות מזו של הגברים"...
טורקל פרנזן 384321
ושוב תודה!
נהנתי מהתשובות, שלך ושל אחרים וגם למדתי משהו פה ושם.
עם המתמטיקה של ארבע יחידות לבגרות (שעשיתי מזמן!) אני חוזר לקרוא פעם נוספת את "גדל, אשר, באך" של הופשטטר.
טורקל פרנזן 385791
ממש בלי תיאום איתי מופיע בסיינטיפיק אמריקן האחרון (מאי) מאמר של אהוד שפירו ויעקב בננסון על דנ''א כמכונת טיורינג.
טורקל פרנזן 385793
אפשר כמה משפטים בנושא?
טורקל פרנזן 388946
אני מקווה שזה לא ישמע טרחני מדי, אבל התגובה הזאת מטרידה אותי כבר זמן מה.
נזכרתי שדיון מעין זה ערכתי לפני יותר משלושים שנה עם ישעיהו לייבוביץ'. לקרוא למה שהיה "דיון" זה קצת מופרז לנוכח הנסיבות והמתדיינים - לייבוביץ' הרצה במסגרת מפגש סיכום של המחזור השני של לומדי האוניברסיטה הפתוחה בקורס פילוסופיה של המדע (1974 כמדומני...) ואני שאלתי מהקהל על הקשר שבין העולם הממשי לבין הפשטות המתמטיקה. לייבוביץ' כדרכו ענה בתוקפנות ובנחרצות שאין שום קשר וסתם את פי. שנים לקח לי להבין שסתימת הפה היתה מוצדקת (ישבו בקהל לפחות מאה אנשים) אבל התשובה היתה לדעתי מוטעית.
לעניות דעתי הטעות הבסיסית של לייבוביץ', ומשהו בדבריך אלון נגוע באותו כשל, לדעתי, הוא בראיה הדיכוטומית כאילו יש עולם פיסיקאלי לחוד ועולם של מושגים לחוד ותהליכי חשיבה בעולם המושגים מנותקים לחלוטין מן העולם הממשי ומגבלותיו ולהפך.
חשיבה דיכוטומית איננה נכונה, לדעתי, אף פעם, אם כי בדיונים מסויימים, למשל לוגיים או מתמטיים, היא הכרחית.
הבנת העולם הממשי איננה מתבססת רק על מערכת כללית מאוד של חוקי הגיון בסיסיים, אלא גם על התפתחות במקביל, ולעיתים רבות בצורה עצמאית ובלתי תלויה, של מערכות מושגיות מפותחות ביותר.
אין בדברי אלה לטעון שבמשפטי גדל יש איזו תרומה ספציפית לתורה פיסיקאלית זאת או אחרת מין הטעם הפשוט, שאינני מבין מספיק במתמטיקה ולוגיקה.
מקפל הבננות 407733
מקפל הבננות 407833
מעניין. הכותרת "How Proteins Fold Into Their Critical Shapes" אופטימית קצת, אבל זה די מקובל בדיווחים כאלה. זהו צעד קטן לחלבון וצעד קטן לאנושות.

חזרה לעמוד הראשי המאמר המלא

מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים