 |
|
 |
||
|
||||
 |
חלק ממה שאני כותב כאן כבר נכתב בתגובות. ישנם רצפים מיוחדים (אבל לא מאוד שמורים אבולוציונית, כלומר יש בהם די הרבה שונות) שמזוהים ע"י פקטורים שמגייסים את הפולימראז. בינהם אפשר למנות את ה http://en.wikipedia.org/wiki/TATA_box גם גיוס הפולימראז נעשה בפרומוטור, שאינו סימטרי. יתרה מזאת, ישנם אזורים במעלה גנים (נקראים מגבירים) שקושרים פולימראזות ושאר פקטורים, ומשחררים אותם לנוע על הגדיל בלי לשעתק אותו, עד למקום בו יקשרו חלבונים נוספים והשיעתוק יתחיל, או לחלופין יצרו לולאות דנ"א שיחברו את החלבונים משני האתרים וכך יתחיל השיעתוק (מהפרומוטור, לא מהמגבר). אם להמשיך לסבך, חלק ממיקום הנוקלאוזומים נקבע ע"י הרצף, וגם לזה יש תפקיד בנקודת תחילת השיעתוק (שכאמור היא שונה עבור כל תבנית). אבל כל זה לא ממש נכון. מחקרים הראו שרוב הגנום עובר שיעתוק ברמה כזו או אחרת, לרבות שיעתוק (לא בהכרח באותה כמות) של הגדיל הנגדי. יתכן ולשיעתוק הזה לפעמים יש חשיבות בבקרת כמות הרנ"א. |
 |
 |
 |
|
|
|
||
|
||||
|
ע"פ הידוע לי עד הלום - כשמבררים אילו חלקים מהDNA מתבטאים בשיעתוק (ברקמת גוף כלשהי למשל), כלומר מה גן ומה לא, משתמשים (בעיקר) ב RNA PCR, תהליך שהרזולוציה שלו מגיעה לזיהוי מולקולת RNA בודדת. כלל מולקולות RNA המזוהות מצביעות (שוב-ככל הידוע לי) על חלק לא גדול במיוחד מהקוד הכללי כנתון לשיעתוק. המשפט האחרון בתגובה שלך הוא חידוש מבחינתי. (דוקא מסתדר טוב עם הרושם הכללי שלי מהמערכת - שהאבולוציה של אוקריוטים רבי-כרומוזומים מושפעת פחות מאיך ישתנו הגנים ויותר מאיזה גנים יתבטאו פחות ואילו גנים ישנים יתבטאו מחדש - דרך אפיגנטיקה של הRNA) |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
מה שבד"כ עושים היום זה להפיק רנ"א, להפוך אותו לדנ"א (כי זו מולקולה יציבה בהרבה) ומשם או לעשות היברידיזציה לצ'יפים (microarrays) או לרצף (שזו שיטה גם כמותית כיום). כשעובדים על הפקה של כל הרנ"א, או אפילו כל הmRNA, לא מגיעים למולקולה בודדת, אבל די קרוב. אפשר להתקרב עוד יותר ע"י real-time PCR, אבל אז זה לכמה עשרות גנים לכל היותר (במעבדה סבירה). לגבי הנפיצות של השיעתוק, אתה יכול לעיין כאן: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15539566 כשכל מחקר מוצא יותר מקודמיו (בשמרים כבר הגיעו כמדומני לתשעים ומשהו אחוז מהגנום שמפיק רנ"א בסיטואציה כל שהיא) וממשיך לשימור אבולוציוני ופונקציה.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16141072 "Genomic mapping of the transcriptome reveals transcriptional forests, with overlapping transcription on both strands, separated by deserts in which few transcripts are observed." http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19182780 "There is growing recognition that mammalian cells produce many thousands of large intergenic transcripts." |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
קודם כל תודה על התקצירים אהבתי את- " [הרבה מרצפים שנחשבו ל"זבל" ונתגלו כמתורגמים באופן חלש] are located in intergenic regions distal from previously annotated genes and exhibit significant homology to other mammalian proteins." . עכשיו, אני משער (באופן רופף לגמרי) כי קיום ההתבתאות העדינה הזו של גנים נשכחים, ברקמת הכבד לדוגמא, מתאפשר [גם] ע"י הבדלים קלים במנגנון ההשתקה-חשיפה האופיני לרקמה, בין תא לתא בתוך הרקמה. אם כך הוא- היתי מצפה, במצבי עקה, למשל התפתחות עוברית בנוכחות רעלן כלשהו, לסיכוי מסוים לברירה טבעית בזמן התמינות תאי הכבד, בינם לבין עצמם. יותר מזה - היתי מצפה לסיכויון של ברירה טבעית פנימית, במהלך הספרמטוגנזה, עם כל התנאים-המושלמים המופרכים שהחברה הקטנים דורשים. קרא לי למארק. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
נא התעלם מהתגובה האחרונה. אני כותב שטויות בדרך כלל, אבל זה כבר מוגזם. היה מאוחר ולא היו לא קפה ולא תה. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אני דוקא מצאתי אותה מעניינת. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
אם הבנתי נכון, אתם אומרים כך: רצף ה TATA קובע את המיקום אליו יסתפח ה RNAP (לא משנים כרגע הפרטים עם כל התוספים והעזרים), את כיוון ההתקדמות של הנ"ל במעלה - או במורד - הסליל, וגם את הגדיל שישמש כ template, נניח לרגע שהוא זה עליו יושב ה TATA ולא ה ATAT: -- TATA --------------------------- גדיל 1 (template)------ . RNAP----> כיוון ההתקדמות -- ATAT---------------------------- גדיל 2 --------- הבעיה שאני נשאר איתה היא שבה בעת גדיל 2 הוא template פוטנציאלי להתקדמות בכיוון ההפוך, וה RNAP צריך איכשהו ל"החליט" איזה קטע צריך לתעתק: את העליון ע"י התקדמות שמאלה או את התחתון (החלק מימין למה שרואים בשרטוט) ע"י התקדמות ימינה. איך נשברת הסימטריה? |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הרצף של TATA הוא (בערך, חמש לשלוש) TATAAA, כך שעל הגדיל השני יהיה הרצף TTTATA. אני לא יודע אם זה משמעותי לרצף הספציפי הזה, אבל רצפי פרומוטורים הם לא סימטריים בכלליות ולזה יכול לקבוע את כיווניות החלבון הנקשר. חוץ מזה, אם חלבון א מתיישב בנקודה 1, וחלבון ב בנקודה שתים (עם או בלי סימטריה), הקביעה ששיעתוק יתרחש בכיוון של א' ל ב' מספיק כדי לקבוע שיעתוק של 1->2 (יכול להיות שזה המצב עבור TFIIB/D). חוץ מזה, יש שיעתוק לכיוון ההפוך מפרומוטור, אבל זה לא של משלים הגן אלא של אזור אחר (בגלל היפוך הכיוון), שסביר להניח שיעבור NMD. |
|
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
הה, תודה. אם כך הבעיה היתה ההנחה שלי ש TATA הוא פשוט TATA. | |
|
|
|
|
|
||
|
||||
|
|
|
|
| חזרה לעמוד הראשי | המאמר המלא |
| מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים | |
 RSS מאמרים |
כתבו למערכת |
אודות האתר |
טרם התעדכנת |
ארכיון |
חיפוש |
עזרה |
תנאי שימוש
|
© כל הזכויות שמורות |