בתשובה להאלמוני המזוהה, 17/05/10 21:28
אוף טופיק 543349
אם הבנתי נכון, אתם אומרים כך: רצף ה TATA קובע את המיקום אליו יסתפח ה RNAP (לא משנים כרגע הפרטים עם כל התוספים והעזרים), את כיוון ההתקדמות של הנ"ל במעלה - או במורד - הסליל, וגם את הגדיל שישמש כ template, נניח לרגע שהוא זה עליו יושב ה TATA ולא ה ATAT:

-- TATA --------------------------- גדיל 1 (template)------
. RNAP----> כיוון ההתקדמות
-- ATAT---------------------------- גדיל 2 ---------

הבעיה שאני נשאר איתה היא שבה בעת גדיל 2 הוא template פוטנציאלי להתקדמות בכיוון ההפוך, וה RNAP צריך איכשהו ל"החליט" איזה קטע צריך לתעתק: את העליון ע"י התקדמות שמאלה או את התחתון (החלק מימין למה שרואים בשרטוט) ע"י התקדמות ימינה. איך נשברת הסימטריה?
אוף טופיק 543364
הרצף של TATA הוא (בערך, חמש לשלוש) TATAAA, כך שעל הגדיל השני יהיה הרצף TTTATA. אני לא יודע אם זה משמעותי לרצף הספציפי הזה, אבל רצפי פרומוטורים הם לא סימטריים בכלליות ולזה יכול לקבוע את כיווניות החלבון הנקשר. חוץ מזה, אם חלבון א מתיישב בנקודה 1, וחלבון ב בנקודה שתים (עם או בלי סימטריה), הקביעה ששיעתוק יתרחש בכיוון של א' ל ב' מספיק כדי לקבוע שיעתוק של 1->2 (יכול להיות שזה המצב עבור TFIIB/D).

חוץ מזה, יש שיעתוק לכיוון ההפוך מפרומוטור, אבל זה לא של משלים הגן אלא של אזור אחר (בגלל היפוך הכיוון), שסביר להניח שיעבור NMD.
אוף טופיק 543372
הה, תודה. אם כך הבעיה היתה ההנחה שלי ש TATA הוא פשוט TATA.
לא בהודו 543375

חזרה לעמוד הראשי המאמר המלא

מערכת האייל הקורא אינה אחראית לתוכן תגובות שנכתבו בידי קוראים